東京で多発する霊的災害「霊災」を祓うべく、陰陽師たちが活躍する現代。陰陽道の名門、土御門の血筋にも関わらず、才能はからっきしな少年・土御門春虎は、陰陽師になる道を諦め、友人の阿刀冬児や北斗と平凡な高校生活を送っていた。そんなある日、春虎は土御門家次代当主にして幼馴染の少女・土御門夏目と再会する。だがその直後、陰陽師が起こした事件に春虎は巻き込まれ、彼を庇った北斗は命を落としてしまう。やがて、明らかになった友人や事件の裏側を知った春虎は、夏目と共に陰陽師の道へ進むことを決意する。