千葉県の舞浜近郊の高校に通う、快活な水泳少年・キョウは、廃部寸前の水泳部を復興させようと日々部員の勧誘に勤しんでいた。そんなある日、キョウは唐突に出会った謎の女子転校生・シズノに導かれ、廃墟と化したビルが並ぶ別世界に辿りつく。そして、その異世界でキョウが目にしたのは巨大な人型兵器「ゼーガペイン」。これよりキョウは、数々の疑問と苦悩にまみれた生活のなかで、幾多の戦いに挑むことになる。