携帯電話の日記を常につけながら暮らす中学2年生・天野雪輝は、ある日、未来の出来事が日記に書かれていることに気付く。それを利用し諸事を上手くこなす雪輝だったが、実はこの事態は彼の空想上の存在だったはずの時空王デウスの仕業であり、さらに水面下では彼と同じく未来日記をもつ12人による時空王の座をかけた殺し合いがすでに行われていたのだった。そして命の危機に陥った雪輝を助けに現れたのは、彼を偏愛する異常なストーカー少女・我妻由乃。彼らは錯綜する思惑のなか、それぞれの目的のため、殺人ゲームに立ち向かっていく。