海と山に囲まれた地方都市・冬木市で起こった、手にした者のあらゆる願いを叶える「聖杯」を巡る戦争に臨む、7騎の使い魔・サーヴァントと契約した7人の魔術師。最後の1組になるまで殺し合うその聖杯戦争には、魔術師の名家の娘・遠坂凛も参加していた。今は亡き父への想いを胸に、召喚したアーチャーとともに戦場に参じた矢先、凛は同じ高校に通う衛宮士郎が戦いに巻き込まれたことに気づき、瀕死の彼を助ける。やがて凛は、セイバーのサーヴァントを召喚した士郎と、聖杯戦争の裏にある巨大な陰謀を打ち砕くべく戦うことになる。