22世紀の末、木星から襲来した謎の侵略者・木星蜥蜴により人類は危機に瀕していた。そんな折、民間企業のネルガル重工は侵略者に対抗するための戦艦・ナデシコを完成させる。そしてナデシコに乗船する人々のなかにはテンカワ・アキトの幼馴染であるミスマル・ユリカもいた。その乗船直前、ユリカと偶然の再会を果たしていたアキトは彼女を追ってナデシコに乗り込むが……。美少女とロボット、シリアスとコメディーを同居させた傑作SFアニメ。