人を喰らう存在「喰種」が人間に紛れ潜む東京。上井大学に通う青年・金木研は、あるとき喰種の女性・神代利世に襲われるも、突如起こった鉄骨の落下事故により捕食を免れる。しかし、その後利世の臓器を移植されたことで半喰種となってしまった研。人を喰いたくない、でも喰わないと生きていけない。元人間ゆえの葛藤に悩む研は、親友・永近英良や喰種を取りまとめる組織でもある喫茶店「あんていく」店長の芳村、店員にして女子高生・霧嶋董香たち、そして喰種から人々を守る「CCG」捜査官との接触を通じ、徐々に強く逞しくなっていく。