大災害「セカンドインパクト」によって世界人口の半数が失われてから、15年後。14歳の少年・碇シンジは、別々に暮らしていた父、国連直属の特務機関NERVの総司令である碇ゲンドウから突然第3新東京市に呼び出され、巨大な人型兵器エヴァンゲリオン（EVA）初号機のパイロットとしてこの地に襲来する謎の敵「使徒」と戦うことを命じられる。シンジは怯えながらもEVAに乗って戦い、また自身と同じパイロットの少女、綾波レイや惣流・アスカ・ラングレー、指揮官兼保護者の葛城ミサトたちと交流しながら、種々の葛藤と共に日々を過ごしていく。