母親の死を受け、両親の故郷に越してきた姉弟、小学5年生の宮ノ下さつきと1年生の敬一郎は、両親も通った「天の川小学校」に転入することになった。その初日、今では名高い心霊スポットと化している旧校舎に足を踏み入れてしまったさつきたちは、そこで母親が昔封じ込めた幽霊や妖怪について記した「オバケ日記」を発見する。しかし、封印の要である裏山の大杉の木は開発のため切り倒されてしまっていた。そしてさつきたちは、「オバケ日記」を手に、解放され人間を襲い始めた妖怪たちを再び封ずるべく立ち上がることになる。