日本の片隅に浮かぶ孤島・竜宮島。穏やかなその島で、真壁一騎やその幼馴染み・皆城総士たちが平和な日々を過ごしていたある時、ラジオから知らない誰かの声が響く。「あなたはそこにいますか…」。その言葉を合図としたかのように、突如飛来した“フェストゥム”と呼ばれる美しき怪物。そして、ただちに抗戦し始める島の大人たち。今までの平和な日常から一転して戦場と化した、そんな島で、一騎はいきなり、人型決戦兵器“ファフナー”に搭乗することを求められる。