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肉親である両親、祖母を亡くした12歳の内気な少女・杏奈は、学校の人々や現在身を寄せる里親との間にも壁をつくり、海辺の町で孤独な喘息の療養生活を過ごしていたが、そこで奇妙な既視感を覚える古い屋敷を見つける。だが、地元では湿っ地屋敷と呼ばれ、廃屋にも見えるその屋敷には、誰にも知られていない不思議な少女・マーニーがいた。マーニーと出会い親友となった杏奈は、彼女と仲を深めながら、徐々に彼女と屋敷にまつわる秘密に近づいていく。