舞台は世紀末の1999年、日本のピラミッドと呼ばれる皆神山にある、不可思議なオカルト現象が次々と起こる私立ヴァルトシュタイン学院、通称「オカルト学院」。ここに訪れたオカルトが大嫌いな少女、神代マヤのもとに、2012年から来たという自称タイムエージェント、内田文明が全裸で現れる。彼は宇宙人の侵略により滅亡しかけている歴史を変えるためタイムスリップしてきたと言う。オカルト学院学長であった父親の死がそれに関係していると知ったマヤは文明とともに様々な怪奇現象に立ち向かっていく。