軍により飛行船に捕えられていた少女・シータは、海賊ドーラ一家の襲撃の際、誤って船から落ちてしまう。その落下する彼女のもとに偶然居合わせた、鉱山で働く少年・パズーが見たのは、青く光る胸のペンダントとともに浮遊しながら降りてくるシータの姿だった。だがシータの救助後、彼女とパズーは海賊や軍人に追われることに。ペンダントに宿る「飛行石」がその原因だと知ったパズーは、彼女を守り、そして飛行石がつくられた伝説の島にして父が探していた「ラピュタ」を発見するべく、広い世界に飛び出していった。