大好きな家族や親友と楽しく平和に暮らしていた鹿目まどかはある日、不思議な夢を見る。そこで見たのは、破壊された市街地で巨大な怪物と戦う少女と、「僕と契約して、魔法少女になってほしい」と告げる奇妙な白い動物。その後、まどかのクラスに転校してきた暁美ほむらは、夢に出てきた少女だった。そしてほむらはまどかに「魔法少女になってはならない」と警告する。だが、やがてまどかは否応なく、残酷な運命に巻き込まれていくことになる。