日本海に面した新興都市・綾凪市では、いくつもの奇妙な事件が発生していた。富山湾の潜水艇から忽然と消えた乗組員、10年ぶりに発生した無気力症患者、身体の表裏が反転した姿で死んだ学生。10年ぶりに実家に戻ってきた兄弟・神郷慎と洵は、市の警察署長として一連の事件を追う兄・諒とともに過ごすうち、事件に巻き込まれてしまう。ペルソナを武器に事件の闇に潜む組織を追う諒。事件に触れることでペルソナを覚醒させた慎たち。兄弟に絡む運命の歯車が、いま、動き始める。