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100年前、プレートのずれにより多くの国土を失った日本は、現在海上都市として国の座を保持していた。海を守る人員が多く必要になったこの都市の女子にとって、憧れの職業は、海の安全を守る民間用軍艦の艦長「ブルーマーメイド」。そんな時代、幼馴染の岬明乃と知名もえかは、ともにブルーマーメイドになるため横須賀の海洋高校に入学する。海を守るべく、海に生きる少女たちの、波乱に満ちた学生生活ストーリー。