白陵大付属柊学園の3年生・鳴海孝之は、目標に向かって頑張っている親友の平慎二と速瀬水月を尻目に、周囲に流されダラダラと過ごす日々のなか、水月の親友・涼宮遙に会い、彼女に告白される。流されるまま告白を受け、紆余曲折ありつつも遙との絆を深める孝之だったが、ある日、彼女は交通事故に巻き込まれ、意識が戻らない状態になってしまう。それから3年後、奇跡的に昏睡から目が覚めた遥は、空白のうちに変わってしまった現実で、また孝之たちも修復できない人間関係の最中で苦悩し、葛藤していく。