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週刊少年ジャンプにて連載、実写劇場版二部作も制作された人気漫画をアニメ化。進学校・椚ヶ丘中学校の落ちこぼれクラス、3年E組。ある日、そこに防衛省の人間と、謎の超生物がやってくる。その生物は、なんと月を7割も破壊し、常に三日月に変えてしまったばかりか、来年の3月には地球も破壊してしまうと言う。「止めるには来年3月までに自分を殺すこと」そう言ってどういうわけか3年E組の担任教師になった生物・殺せんせー。E組の生徒たちは暗殺を試みながら、学校生活を送り始める。