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港が一望できる丘に建つ下宿屋「コクリコ荘」。そこを切り盛りする16歳の少女・松崎海は、毎朝、亡くなった船乗りの父を偲び、海に向かって旗を上げていた。その旗を、タグボートでの通学中、海上からいつも見ていた少年・風間俊。そんな2人はある日、高校で男子文化部の部室棟「カルチェラタン」の取り壊しの是非が議論の種になったとき知り合い、互いに淡い恋心を抱くようになる。そして、カルチェラタンの保存を願う彼らは、積極的に活動を続けるなかで、自分たちの本当の関係を知っていく。