高校生・坂井悠二が御崎市で平凡な日常を過ごしていたとき、突如現れた怪物と名もなき少女。唐突に訪れた非日常の正体は、人知れず行われる異世界の住人「紅世の徒」と、その少女のような異能力者「フレイムヘイズ」との戦いであった。少女は、悠二が無自覚のまま死んでいると告げ、わけあって“紅世の徒”から狙われる羽目になった悠二を護るようになる。悠二は少女を「シャナ」と名付け、以後2人は反発しながらも少しずつ惹かれ合い、そしてさらなる戦いの場にその身を投じていく。