異生物・ガウナにより太陽系を破壊されてから1000年。人類は巨大な播種船・シドニアに乗り、繁殖を続けながら新天地を目指して宇宙を旅していた。そのシドニア最下層で暮らしていた少年・谷風長道は一緒に暮らしていた祖父の死後、あるきっかけからガアナと戦うための人型兵器・衛人の操縦士訓練学校に入学。地上で初めて出会った少女・星白閑らと共に、正規操縦士になるべく訓練を受けることになる。
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